盡管粵港澳大灣區(qū)經(jīng)濟(jì)一體化已是水到渠成，但在調(diào)研中，部分公司高管以及社科院專家均指出，還需要跨越制度性障礙。

　　香港和澳門都分別實(shí)行“一國(guó)兩制”，法制和經(jīng)貿(mào)方面也分別是三個(gè)獨(dú)立的法律體系和關(guān)稅區(qū)。如何在此種背景下，實(shí)現(xiàn)人流、物流和信息流等經(jīng)濟(jì)基礎(chǔ)要素的自由流通，是專家學(xué)者以及各類市場(chǎng)參與主體共同關(guān)心的話題。

　　“兩種制度，三個(gè)關(guān)稅區(qū)，11個(gè)城市，從某些維度來(lái)看，分割還是存在的。”廣東省社會(huì)科學(xué)院宏觀經(jīng)濟(jì)研究所副所長(zhǎng)陳再齊分析。楊明也有類似觀點(diǎn)，他提出，粵港澳三地雖然有了“同聲同氣同命運(yùn)”的共同情懷，但要真正做到攜手建設(shè)，一定要找到并實(shí)行有效的共治制度。

　　廣東省社會(huì)科學(xué)院副院長(zhǎng)趙細(xì)康認(rèn)為，共建粵港澳大灣區(qū)要提供覆蓋不同制度區(qū)域的公共服務(wù)。“粵港澳大灣區(qū)首先是一個(gè)地理概念，但是這個(gè)地理空間因?yàn)閷?shí)行‘一國(guó)兩制’，導(dǎo)致它們有不同的經(jīng)濟(jì)和社會(huì)發(fā)展形態(tài)。大灣區(qū)應(yīng)該是探討如何在現(xiàn)有制度有差別的情況之下，去建設(shè)一個(gè)有共同方向、共同行動(dòng)的共同體。”

　　趙細(xì)康認(rèn)為，粵港澳大灣區(qū)的建設(shè)，包括在基礎(chǔ)設(shè)施、金融、環(huán)保、教育、文化的合作，可能需要重新思考，過(guò)去政府出面去干的事情，如何讓渡給超地方政府的機(jī)構(gòu)來(lái)做。比如，粵港澳大灣區(qū)的合作可能需要成立粵港澳大灣區(qū)發(fā)展合作委員會(huì)，這個(gè)合作委員會(huì)要能夠取代三地政府的一些職能。

　　粵港澳大灣區(qū)研究院也提出了類似建議，認(rèn)為未來(lái)的粵港澳大灣區(qū)公共產(chǎn)品的供給目標(biāo)，就是要構(gòu)建開(kāi)放型經(jīng)濟(jì)新體制，以“互聯(lián)互通”的理念建立合作機(jī)制，以“通”為基準(zhǔn)點(diǎn)和定盤器，推動(dòng)粵港澳合作走向深化，實(shí)現(xiàn)區(qū)域內(nèi)“人流、物流、資金流、信息流”四要素的自由流動(dòng)。

　　對(duì)于“一國(guó)兩制”和三個(gè)獨(dú)立關(guān)稅區(qū)，粵港澳大灣區(qū)研究院認(rèn)為，多元制度格局反而可能成為制度優(yōu)勢(shì)，為對(duì)接國(guó)際、推動(dòng)“一帶一路”建設(shè)提供更加靈活的制度安排。自由港、特別行政區(qū)、經(jīng)濟(jì)特區(qū)、自由貿(mào)易試驗(yàn)區(qū)等在大灣區(qū)的制度疊加效應(yīng)，擴(kuò)大了貿(mào)易和產(chǎn)業(yè)合作的選擇面。以香港為例，由于是“一國(guó)”的一部分，讓香港搭上了國(guó)家快速發(fā)展的列車；另一方面，香港保留了原有制度，實(shí)行自由經(jīng)濟(jì)政策，港元和美元掛鉤，金融市場(chǎng)開(kāi)放，出入境相對(duì)開(kāi)放和簡(jiǎn)易，與國(guó)際商業(yè)市場(chǎng)完全接軌，也有“兩制”之便。