還有一些新三板公司因一些其他方面的問題遭到股轉系統問詢。以瀚盛建工為例，瀚盛建工在審查中被關注到了關聯交易、營業收入以及披露問題。公司年報第四節披露主要客戶情況，根據銷售金額及其占比，推算出銷售合計12，122萬元，與合并利潤表的營業收入16，876萬元不一致。股轉系他要求公司說明不一致的原因。
此外，北旺農牧和盛夏星空等公司則是因為客戶問題遭問詢。盛夏星空是一家一家主營業務為影視劇投資、制作發行和藝人經紀的文化娛樂公司，曾因其旗下藝人田亮、葉一茜夫婦以及馬天宇等明星的入股備受資本市場的關注。股轉系統對盛夏星空的前五大客戶提出了質疑，并要求公司核實前五大客戶是否列示錯誤；以及前五大客戶收入全部列入應收賬款的原因。
記者5月18日統計時發現，今年被股轉系統問詢的44家新三板企業中，股轉系統官方網站中只顯示了21家新三板公司的回復情況。
然而，5月19日，股轉系統陸續更新了年報被問詢的新三板公司的回復情況。今年被問詢的新三板公司，大部分都在規定日期內對股轉系統的問詢函進行了回復，只是股轉系統官方網站并未及時更新。
不過，今年被問詢的44家新三板公司中，除去未到截止日期的5家，仍然還有2家新三板企業未顯示年報問詢函回復詳情。這兩家公司分別是園禾方圓、嘉銀金科。
上述新三板從業人員在接受《證券日報》記者采訪時表示，有少數的新三板企業未能按時對股轉系統的問詢函進行回復，可能是公司存在一些問題，對股轉系統提出的問題者有待解決或者徹底無法解決。此外，也有一些業績比較差的新三板公司，有放棄掛牌的打算，主觀上不重視問詢函，存在拖延等情況。
中國新三板研究中心首席經濟學家劉平安也在采訪時也向《證券日報》記者表示，
主要有三個方面的原因導致新三板掛牌企業未對股轉系統的問詢函作出回應。其一，是一些新三板公司根本回答不了問詢函中的問題。掛牌公司本身存在問題，比如年報中收入的確認問題，變更會計政策的問題等，這些問題是掛牌公司常用的財務造假手段，對于這類問題，掛牌公司無法回答。
其二，這說明目前證券監管的懲罰力度不夠，犯錯的成本很低，甚至沒有。這不僅是新三板存在的問題，中國資本市場向來如此。監管部門已經沒有權威性。新三板與交易所市場還不同的是，新三板作為自律性監管，主要依靠市場的自律性措施。在新三板市場，行政監管和法律監管目前還沒有形成有效的監管框架，監管乏力。“股轉系統”沒有權威，掛牌公司根本不把問詢函當回事。