另外需要說明的是，在基金的運營中，除了一些日常開銷通過管理費用支付外，GP還會產生一些費用，通常這些費用由LP來承擔，主要包括：聘請法律顧問的費用、聘請審計師的費用、向LP定期匯報基金表現而產生的開支、向中介機構支付投資項目的中介費用等。不過，現在絕大多數GP和LP 都會商定，將產生的這些費用全部計入投資成本，待最終收益分配時再進行相應扣除。
(二)投資回報分配
投資回報如何進行分配，這恐怕是LP們最為關心的問題了，實踐中面對GP設計的紛繁復雜的投資回報分配條款，LP往往是頭痛不已。這里重點從兩個方面對此問題作以闡述：
首先談投資回報的分配時間，這也是LPA中非常重要的一個條款，但實踐中許多人對此條款往往忽略不談，甚至是想當然。不同的分配時間對GP 和LP的切身利益都有很重要的影響。目前，PE業內流行的投資回報分配時間主要有兩種：
一種是在每個投資項目產生回報后立即進行分配(又稱By Deal)，即在每個投資的項目退出后，就該項目投資回報所得在GP和LP之間按LPA協議約定直接進行分配。這種分配方式對GP較為有利，在這種分配時間點下，GP的總回報可能大于LPA中通常約定的總投資回報的20%。
另一種是還本后分配(又稱By Fund)，即LP收回投資成本(或者說投資成本加優先回報)之后才開始分配投資回報給GP。這樣的分配時間點對LP相對較為有利，在這種分配方式下，LP往往會要求會對優先回報提出一定的要求。
實踐中如采用By Deal 進行分配時，LP有時還會就特別項目產生的損失，或者GP獲得的高于預先約定的總投資回報分成比例的部分要求進行回撥，又稱“利潤回撥”機制。通常是在第一個投資項目推出后，GP應將其分配的投資回報的20%回撥，即和LP設一共管賬戶，等第二個投資項目退出時，如第二個項目是盈利的，則GP原留存的20%直接劃轉GP名下，再按第二個投資項目分配投資回報所得20%進行留存;如第二個項目是虧損的，則用GP原留存的20%直接彌補第二個項目上的損失，但仍以該留存的20%為限。
其次談投資回報的具體分配方式。投資回報(又稱Carry)必須是在GP和LP之間進行的分配，目前國際上較為流行的做法是將基金投資的凈資本利得的20%分配給GP，余下的80%分配給LP。但PE實踐中，作為出資人的LP往往會要求一定的優先回報，即投資回報分配時，LP先要取回投資成本和一定的優先回報，這類優先回報率通常是6—8%。
在LP提出優先回報要求后，GP通常也有兩種做法：一種是在LP取得優先回報后，剩余投資回報分配時，GP可以要求超出通常20%的比例，可以是25%，甚至是30%;一種是在LP先取得6——8%的優先回報后，GP可直接取得LP所領取的優先回報的1/4，此后雙方再就剩余投資回報按LPA約定執行。
(三)利益沖突機制
LPA中的利益沖突機制主要源于合伙企業法第三十二條的規定。合伙企業法第三十二條規定：“合伙人不得自營或者通他人合作經營與本合伙企業相競爭的業務。”具體到私募股權投資基金實踐當中，有的GP 往往管理的不只是一支基金，他既可能同時或者先后發起幾支不同的基金，也可能受不同基金委托而管理幾支不同的基金，這樣一來，其在選擇投資項目時，如何能最大程度上保證切實從LP的利益出發，優先保證這些LP的利益?這也是實踐中LP們很關注的一個話題。